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En la actualidad, los jardines botánicos son centro de investigación biológica, así como de enseñanza y apoyo a los programas educativos, además de jugar un papel importante en la conservación de la flora, manteniendo en sus colecciones plantas endémicas, raras o en peligro de extinción.

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El Jardín Etnobotánico de Oaxaca muestra en vivo cientos de especies de plantas, todas ellas originarias de las diferentes regiones del estado, tanto de climas áridos como húmedos, de las zonas tropicales bajas y de las áreas montañosas templadas y frías. El Jardín representa así la gran diversidad de climas, formaciones geológicas y tipos de vegetación que caracterizan a Oaxaca.

El Jardín forma parte del Centro Cultural Santo Domingo, que ocupa el antiguo convento que fue construido en los siglos XVI y XVII para los frailes dominicos. El terreno del Jardín fue parte de la antigua huerta del convento. Este espacio sirvió como cuartel de mediados del siglo XIX hasta 1994 y estuvo ocupado por dormitorios, estacionamientos, canchas deportivas y otras instalaciones militares.

En la época colonial tuvo otros usos ligados a la vida del convento, como se puede apreciar en los vestigios que se restauraron al interior del Jardín: canales de riego y drenaje, estanques, hornos de cal, lavaderos de ropa, un horno de cerámica y una calzada empedrada para las carretas que abastecían alimento y combustible.

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El Jardín Etnobotánico fue propuesto en 1993 por iniciativa del maestro Francisco Toledo y la asociación civil Patronato para la Defensa y Conservación del Patrimonio Cultural y Natural de Oaxaca, A.C..

El 10 de noviembre de 1994 se publicó en el Diario Oficial de la Federación un acuerdo para retirar del servicio de la Secretaría de la Defensa Nacional el antiguo convento de Santo Domingo en la ciudad de Oaxaca, destinando a favor del Gobierno del Estado un espacio de 2.3 hectáreas para crear un jardín botánico.

Además de colectar, plantar, cuidar y propagar plantas oaxaqueñas, en el Jardín Etnobotánico se hace trabajo de investigación, de educación y de conservación de la flora del Estado. Cuenta con un vivero, un banco de semillas, un herbario y una biblioteca especializada donde el público puede consultar información acerca de la flora, vegetación, ecología, historia natural y etnobiología.

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Al mostrar en vivo los nexos entre la diversidad biológica y la historia cultural de Oaxaca, el Jardín Etnobotánico complementa y enriquece al Museo de las Culturas de Oaxaca, la Biblioteca Fray Francisco de Burgoa y la Hemeroteca Néstor Sánchez, que forman parte también del Centro Cultural Santo Domingo.